Tổ tiên chung gần đây nhất của coronavirus đã được giả định ở khoảng thời gian 8000 TCN.[10] Thực tế chúng có thể đã tồn tại từ trước đó rất lâu.

Một ước tính khác đặt tổ tiên chung gần đây nhất (MRCA) của tất cả các coronavirus vào khoảng 8100 BCE.[11] MRCA của Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus và Deltacoronavirus đã được giả định ở khoảng 2400 TCN, 3300 TCN, 2800 TCN và 3000 TCN. Dường như dơi và chim, động vật có xương sống có máu nóng, là vật chủ lý tưởng cho nguồn gen coronavirus (với dơi là Alphacoronavirus và Betacoronavirus, và chim là Gammacoronavirus và Deltacoronavirus).

Coronavirus bò và coronavirus đường hô hấp chó có chung họ hàng từ một tổ tiên chung vào năm 1951.[12] Bovine coronavirus và coronavirus OC43 của con người đã chuyển hướng vào năm 1899. Bovine coronavirus chuyển hướng từ các loài coronavirus ở ngựa vào cuối thế kỷ 18.

Một ước tính khác cho thấy rằng coronavirus OC43 lây bệnh cho con người đã chuyển hướng từ coronavirus của bò vào năm 1890.[13]

MRCA của coronavirus OC43 ở người đã có từ những năm 1950.[14]

Hội chứng hô hấp Trung Đông coronavirus, mặc dù có liên quan đến một số loài dơi, dường như xuất phát từ một loại coronavirus đã tiến hóa từ những thế kỷ gần đây.[15]

Các coronovirus dơi liên quan chặt chẽ nhất và coronavirus SARS chuyển hướng vào năm 1986.[16]

Một con đường tiến hóa của virus SARS và mối quan hệ nhạy bén với dơi đã được đề xuất.[17][18] Các tác giả cho rằng các coronavirus đã được liên kết với dơi trong một thời gian dài và tổ tiên của virus SARS đã lây nhiễm lần đầu tiên các loài thuộc chi Hipposideridae, sau đó lây lan sang các loài thuộc họ Rholophidae và sau đó đến cầy hương, cuối cùng lây sang người.

Alpaca coronavirus và coronavirus 229E ở người đã tiến hóa trước năm 1960.[19]

Các coronavirus NL63 của người và một coronavirus ở loài dơi đã có chung tổ tiên vào khoảng 563-822 năm trước.[20]